为了将中医药行业现代化，余仁生从90年代初期就开始进行中药生产方面的改革。

经过多年的努力，余仁生香港制药厂于2002年荣获澳洲药品监督管理局(Therapeutic Goods Administration)颁发"优良药品生产作业规范"认证，以及香港品质保证局颁发的ISO9001:2008 品质管理认证。余仁生是香港首家同时拥有上述两项由原药材以至制成品均被认证的中药厂。

2006年，我们也获得香港特别行政区中药业管理小组的"中成药生产质量管理规范"认证。这些专业认证，是我们在中药制造作业流程上多年努力及改进的成果。

我们符合GMP规范的流程包括：
（1）原药材处理及加工炮制；
（2） "无尘车间" 的中药生产制造；
（3）外包装程序。

为了加强品质及生产管理，我们将整个药品生产流程自动化，重点投资生产设施及实验仪器，以提高整个品质管理体系的水准。

除了强化硬体设施，我们也建立完善的资料管理系统，详细记录整个中药生产作业，以调整及控制产品生产。从中，我们也收集可量化数据资料，以符合卫生部设定的标准要求。

此外，除了自行为产品进行内部品质测试，为确保产品在品质、功效用上维持最高标准及一致性，我们委派独立专业的实验室，负责产品试验及安全测试工作。我们也对部分产品进行临床试验，以科学方式进一步验证其功效。

通过上述各项设施及试验，余仁生能保证产品的品质、安全性及功效。