為了將中醫藥行業現代化，余仁生從90年代初期就開始進行中藥生產方面的改革。

經過多年的努力，余仁生香港製藥廠於2002年榮獲澳洲藥品監督管理局(Therapeutic Goods Administration)頒發 "優良藥品生產作業規範" 認證，以及香港品質保證局頒發的ISO9001:2008 品質管理認證。余仁生是香港首家同時擁有上述兩項由原藥材以至製成品均被認證的中藥廠。

2006年，我們也獲得香港特別行政區中藥業管理小組的 "中成藥生產質量管理規範" 認證。這些專業認證，是我們在中藥製造作業流程上多年努力及改進的成果。

我們符合GMP規範的流程包括：
（1）原藥材處理及加工炮製；
（2）"無塵車間" 的中藥生產製造；
（3）外包裝程序。

為了加強品質及生產管理，我們將整個藥品生產流程自動化，重點投資生產設施及實驗儀器，以提高整個品質管理體系的水準。

除了強化硬體設施，我們也建立完善的資料管理系統，詳細記錄整個中藥生產作業，以調整及控製產品生產。從中，我
們也收集可量化數據資料，以符合衛生部設定的標準要求。

此外，除了自行為產品進行内部品質測試，為確保產品在品質、效用上維持最高標準及一致性，我們委派獨立專業實驗室負責產品試驗及安全測試工作。我們也對部分產品進行臨床試驗，以科學方式進一步驗證其功效。

通過上述各項設施及試驗，余仁生能保證產品的品質、安全性及功效。